從九月金黃的脈絡里溢出的幾粒清脆的鳥鳴，和著樹葉的擊掌鳴唱，譜寫一曲九月花凋葉落的挽歌。在這美好九月的早晨，滬鼎生物與您嘮嘮全基因組模型預測生物功能的那些事兒！
  自上個世紀90年代中期全基因組測序技術出現(xiàn)后，一種新技術方法也隨著迅猛發(fā)展，這種稱為基于約束的通量分析的方法通過一系列針對基于約束的構建和模擬用途而編寫的函數(shù)進行模擬運算。   
  近幾年COBRA已經(jīng)被用于預測細胞的功能，比如預測不同基質(zhì)條件下細胞生長的能力，以及基因敲除在全基因組范圍內(nèi)的影響。不少科學家們希望能了解并應用這種方法，尤其是在代謝工程，抗生素設計和酶研究方面。 
  全基因組范圍的代謝網(wǎng)絡在基因組序列的基礎上，結合基因功能注釋信息，把基因編碼蛋白所催化的生化反應構建為一個代謝網(wǎng)絡，反應了基因-蛋白質(zhì)-生化反應之間的相互作用，從而有效地轉化為數(shù)學模型在計算機上進行模擬、分析，并用實驗數(shù)據(jù)加以驗證，提出假設。 
  這種網(wǎng)絡能從全局的角度探索和揭示生物代謝機制提供一個有效的框架，很好地將基因型與表型的關系定量地關聯(lián)起來。目前科學家們已經(jīng)構建了包括真菌、古生菌和真核生物在內(nèi)的多種代謝網(wǎng)絡。 
  而要進行這種構建，COBRA是一種重要的方法，這種方法是由一系列針對基于約束的構建和模擬用途而編寫的函數(shù)組成，含有可以讀取SBML或Excel格式的模型的函數(shù)，使用者不再需要自己編寫提取矩陣的程序。
  我公司由資深專家?guī)ь^組建研發(fā)團隊，十幾年ELISA試劑盒開發(fā)經(jīng)驗，品質(zhì)保障，值得信賴；BIM品牌度高，國內(nèi)重點實驗室廣泛使用，如北京生命科學研究所，中國科學院，協(xié)和醫(yī)科大學等；諸多刊物的文章廣泛引用，如Nature, PNAS, Cell Research, Biomaterials等，目前SCI文章及國內(nèi)核心期刊引用已達數(shù)百篇。 
  此前研究人員就利用這種方法，對大腸桿菌E. coli的1,366個基因進行了計算機建模，該代謝模型包含了蛋白質(zhì)的三維結構數(shù)據(jù)，能夠預測特定細菌蛋白對溫度的敏感程度。 
  在基因組規(guī)模上對細胞網(wǎng)絡進行重建，可以建立預測性的代謝模型，不過一般這樣的研究都沒有包括蛋白的結構信息。研究人員在建模過程中，添加了蛋白的結構數(shù)據(jù)，實現(xiàn)了對蛋白熱穩(wěn)定性的系統(tǒng)性研究。該模型可以預測在非*溫度下限制整個系統(tǒng)功能的蛋白，還可以確定能增強細胞耐熱能力的突變。在此基礎上，人們將有望構建更耐熱的微生物菌株用于工業(yè)生產(chǎn)，例如生產(chǎn)常用化學物質(zhì)或治療性蛋白等。 
  研究人員模擬了來自人類病原菌支原體整個生命周期，提出了一個全細胞計算機模型，這一模型囊括了這個病原菌的所有分子組，以及相互作用，這將有助于促進細胞生物學的發(fā)展。
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